مهمترین قسمت پرورش قارچ، تولید کمپوست است. هر چه در تولید کمپوست سرمایه، وقت، دقت و توجه بیشتری صرف شود به همان اندازه کیفیت و کمیت قارچ تولیدی بالاتر خواهد رفت.

اولین نکته ای که به هنگام خرید کمپوست قارچ باید به آن دقت کرد، رنگ کلش می باشد بطوریکه نباید کلش زرد رنگ باشد و باید به رنگ قهوه ای سوخته باشد.

مقدار محصولی که می توان از کمپوست خریداری شده بدست آورد بستگی به نحوه مدیریت سالن، کیفیت کمپوست، بذر استفاده شده و شرایط محیطی بکار رفته در سالن پرورش قارچ دارد. در کشورهای پیشرو در صنعت تولید قارچ مانند هلند به ازای هر تن کمپوست بکار رفته در سالن، ۴۰۰ الی ۵۰۰ کیلو قارچ برداشت می شود ولی این میزان در ایران به ۲۰ تا ۳۵ درصد وزن کمپوست می رسد.

فرآیند تولید کمپوست معمولا در دو مرحله انجام می شود. فاز اولیه که به فاز تخمیر معروف است و دیگری فاز ثانویه یا همان پاستوریزه کردن نامیده می شود.